Genetic structure of Antioquia Holstein from two SNPs and association with dairy traits

ABSTRACT Objective. Analyze the structure and genetic differentiation of a population of Antioquia Holstein cows from the polymorphisms A192G of INHA and A-320T of FSHR, and explore the association of the genotypic combinations with milk traits. Materials and methods. 1240 lactations of 356 animals from 9 herds in 6 municipalities of Antioquia were analyzed. Genotyping was performed by PCR-RFLP. Structure and genetic diversity parameters were determined using GenAlex software. The association of genotypes combinations with productive and reproductive traits was explored through a linear mixed model. Results. SNP A192G showed a frequency of 0.534 and 0.466 for A and G alleles respectively and SNP A-320T had a frequency of 0.660 far A allele and 0.339 for T allele, this way the population is in HWE. The FST, FIS and FIT values were 0.059, 0.285 and 0.328 respectively indicating a moderate genetic differentiation between subpopulations. The A-320T SNP showed significant effect on milk yield. Fat and protein percentage, calving interval and services per conception were not affected by these polymorphisms or their interaction. Conclusions. Phenotypic selection made on this population has not been strong enough to generate noticeable changes in allele frequencies of these polymorphisms or deviations from Hardy-Weinberg equilibrium. The interaction of these polymorphisms has no significant effect on the characteristics of zootechnical interest, so its use in programs of molecular marker assisted selection is not recommended

Análisis de la diversidad genética de la población de toros Holstein Friesian importados al Ecuador entre los años 2000-2021.

Genetic diversity ensures the animal populations evolution and adaptation. Therefore assesing the genetic relationships, among others, imported and currently marketed bulls in Ecuador, through genealogical information, it is the research aim. As of digital and physical catalogs of bovine semen trading enterprises, it was used 273 bulls imported to Ecuador that are available, between the 2000-2021 years. It was got genealogical information for all Bulls up to four generations. For the flow and genetic relationships análisis, they were used information corresponding to name, international code (ID), country imported bull (DOB) and its ancestors birth date, both paternal (SIRE) and maternal (DAM), considering the queries in the ancestor origin countries databases, into four generations. It was assessed the ages, percentile value for net merit, the inbreeding by pedigree and genomics. The descriptive statistical análisis is performed by using the INFOSTAT program. The inbreeding coefficient and the average kinship with the ENDOG v4.8 program. Holstein Friesian genetics from the United States and Canada is responsible for 89.25% of the genetic flow to Ecuador. The assessed bulls average age was 8.50 years, assuming a generational interval between 6-8 years. Within the Ecuadorian market there is great proven Bulls in proof use, affecting the generation interval and genetic progress in comparison to the genomis bull´s, use. Regarding consanguinity, there is a high percentage index (20% - 13%) between the 2012 – 2016 years. In relation to net merit, the most the bulls are less than the 50th percentile, being the most used.ello, evaluar las relaciones genéticas entre toros importados y comercializados actualmente en el Ecuador mediante la información genealógica, constituye el objetivo de la investigación. A partir de catálogos digitales y físicos de las empresas comercializadoras de semen bovino se utilizaron 273 toros importados al Ecuador que se encuentran disponibles, entre los años 2000-2021. Se obtuvo la información genealógica de todos los toros hasta cuatro generaciones. Para el análisis del flujo y relaciones genéticas se utilizó información correspondiente a nombre, código internacional (ID), país, fecha de nacimiento del toro importado (DOB) y sus ancestros tanto paternos (SIRE) como maternos (DAM), considerando las consultas en las bases de datos de los países de origen de los ancestros, en 4 generaciones. Se evaluó las edades, el valor del percentil para mérito neto, la consanguinidad por pedigrí y genómica. El análisis estadístico descriptivo se realiza empleando el programa INFOSTAT. El coeficiente de consanguinidad y el parentesco medio con el programa ENDOG v4.8. La genética Holstein Friesian de Estados Unidos y Canadá es responsable en un 89.25% del flujo genético al Ecuador. La edad promedio de los toros evaluados fue de 8.50 años, presumiendo un intervalo generacional entre 6-8 años. Dentro del mercado ecuatoriano hay gran demanda de pajuelas de toros probados con alta confiabilidad, lo que implica el uso de toros de avanzada edad y toros en prueba, afectando al intervalo generacional y el progreso genético en comparación al uso de toros genómicos. Respecto a la consanguinidad existe un alto índice porcentual (20% - 13%) entre los años 2012 – 2016. En relación al mérito neto, la mayor parte de los toros están en menos del percentil 50, siendo los más utilizados

Estructura y diversidad genética en vacas Holstein de Antioquia usando un polimorfismo del gen bGH

Objetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías

Estructura y diversidad genética en vacas Holstein de Antioquia usando un polimorfismo del gen bGH

Objective. To determine the allele frequencies and genotypic polymorphism of the intron 3 of gene bGH and estimate structural parameters in Holstein cattle populations. Materials and methods. The study was conducted with 1366 Holstein cows belonging to 120 herds in 11 municipalities of the department of Antioquia. DNA was extracted by the Salting out method and genotyping was carried out using PCR-RFLP. Genetic diversity was determined by comparing the heterozygosities, Hardy-Weinberg (HW) and genetic differentiation between populations was performed using the Arlequin software 3.0. The allelic and genotyping frequencies were assessed using the SAS statistical software. Results. The genotype frequencies found were 0.764 and 0.013 (+/-) 0.223 (+/+), (-/-) and allele frequencies were 0.876 (+) and 0124 (-). There was no unbalance for Hardy Weinberg in the subpopulations. The genetic diversity determined by comparison of the heterozygosity was low among populations but within them it was not. The FST value of the entire population was 0.0068 and significant (p<0.05), FST also matched some were values ranging from 0.0 to 0.13. The statistical FIT and FIS were not significant. Conclusions. The gene bGH is an interesting candidate to economically evaluate important traits because it does not seem to have been subject to direct selection, has a mean variability in populations, showing significant genetic differentiation between several municipalities, resulting from the different production systems and access to biotechnologies.Objetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías